Рецензируемый научный журнал  "Научные проблемы водного транспорта" получил это название в январе  2020 года. До этой даты журнал назывался "Вестник ВГАВТ"; он, в свою очередь, заменил в 2002 году сборники статей, выпускаемые Университетом под различными названиями с момента его основания в 1930 году. 

    Издание посвящено актуальным вопросам водного транспорта России и публикует научные материалы по таким важным для отрасли направлениям как судостроение, судоремонт, гидротехническое строительство, экологическая безопасность судоходства,  экономика, логистика и управление на транспорте.

Журнал включён в Перечень ВАК с января 2016 года.

С декабря 2022 года журнал присутствует в обновленном Перечне ВАК по следующим специальностям:

 - Теория корабля и строительная механика

 - Проектирование и конструкция судов

 - Технология судостроения, судоремонта и организация судостроительного производства

 - Судовые энергетические установки и их элементы

- Эксплуатация водного транспорта, водные пути, сообщение и гидрография (технические науки)

 - Региональная и отраслевая экономика

    С декабря 2023 года журналу присвоена категория К2 (приказ Минобрнауки России от 19 декабря 2023 «О категорировании Перечня рецензируемых научных изданий»)

    Журнал выходит 4 раза в год (март, июнь, сентябрь, декабрь)

    В редакционную коллегию журнала входят ведущие российские и зарубежные ученые по базовым отраслевым направлениям.