КГТУ развивается как многопрофильный вуз, ориентированный на потребности своего региона и рыбохозяйственной отрасли России.
В нем реализуются профессиональные программы подготовки бакалавров, дипломированных специалистов, магистров и послевузовские программы подготовки кандидатов и докторов наук, а также различные дополнительные профессиональные программы повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов.
В университете осуществляется подготовка специалистов по 42 специальностям и направлениям высшего профессионального образования.